Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
177215573.01536078142967e-090.6354180939121220.8343843627327680.965091852878636
177207478.21386880810569e-080.5275410432648870.5301338154935780.695548920350832
177271190.0001486895807346730.6987373117093630.6168822696432770.166236232972598
177304690.0002625923843346130.2708068016957150.7233150460090870.831680498862094
177152840.002110191828300840.001075361659076370.6512502328658270.000313957750533577

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chrX17721557.CG.PASSAC=22GT0/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/10/01/10/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chrX17720747.TG.PASSAC=18GT0/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chrX17727117.AAAA,AA.PASSAC=1,72GT0/02/22/00/20/20/20/20/20/20/00/00/20/00/20/00/00/00/00/00/20/20/20/20/00/00/20/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/20/20/00/20/00/00/20/00/00/20/00/00/00/20/00/20/00/20/20/20/00/22/00/00/00/00/20/00/20/20/00/00/00/20/00/21/00/00/02/00/20/00/00/00/20/20/00/20/00/20/00/00/20/00/00/00/20/00/00/20/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/20/00/00/20/20/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/20/20/20/00/20/00/20/00/00/00/00/00/20/20/00/00/00/20/20/20/00/00/20/00/00/00/00/00/20/20/20/20/00/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/20/00/00/00/20/00/20/20/00/00/20/00/00/00/20/00/00/0
chrX17727119.AAA,AAA.PASSAC=58,4GT0/00/00/00/00/00/00/10/00/10/00/00/10/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/01/00/00/00/10/00/00/10/01/10/10/00/01/00/00/10/00/00/00/01/00/00/00/01/00/00/00/00/01/01/01/00/00/00/00/10/01/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/10/00/10/00/00/00/00/10/10/00/10/00/01/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/21/20/01/00/00/00/11/21/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/10/00/01/00/00/00/10/12/10/00/10/01/00/01/00/10/00/10/11/00/01/00/11/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/01/01/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/0
chrX17730469.TTTT,TTGT.PASSAC=26,1GT0/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/10/00/00/00/00/01/00/00/01/00/00/00/00/00/01/01/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/01/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/01/00/00/00/01/00/00/00/01/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/02/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/01/00/00/00/01/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/0
chrX17715284.TTCCTTGGTTTTC,TTCCTTGGTTTC.PASSAC=31,43GT0/00/00/02/20/00/00/01/10/00/00/00/02/20/00/00/02/20/01/10/00/00/00/00/02/20/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/02/20/01/00/02/22/20/00/00/00/00/00/00/00/02/20/02/22/22/20/00/00/00/00/00/00/01/00/02/20/01/10/00/00/00/02/22/20/00/00/02/20/01/00/00/01/10/02/20/02/22/20/01/10/00/01/11/10/00/01/11/00/00/01/00/02/22/20/00/00/00/02/20/00/00/02/20/00/01/10/02/20/00/00/00/00/00/02/22/20/02/21/11/12/22/20/00/00/00/00/02/22/20/00/00/01/11/10/02/21/10/00/02/20/00/01/01/11/00/02/20/00/00/00/01/12/21/10/00/00/02/20/02/20/00/00/01/02/20/00/00/02/20/00/01/12/20/00/00/00/00/00/00/00/02/21/10/00/00/02/22/22/20/1

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chrX17721557TTTCGATGTTCAATTTCAGCATTTCAGTTTGGCTAGCGATGGCACTGCATC
chrX17720747TTAGAGCAGGAAAAAACTAGAGATTCAGCGCGGAAGTGGAAGATGAAGATC
chrX17727117AACAAGTTAGCTAAACAAAAAAAAAAACAATAAAAAACAAAGCTGAAGAAGNA
chrX17727119CAAGTTAGCTAAACAAAAAAAAAAACAATAAAAAACAAAGCTGAAGAAGAGDmelanogaster-FlyFactorSurvey-CG2052_SOLEXA_2.5_FBgn0039905 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-jim_F1.9_SOLEXA_2.5_FBgn0027339 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SANGER_10_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-rn_SOLEXA_5_FBgn0259172 , Dmelanogaster-FlyFactorSurvey-sqz_SOLEXA_5_FBgn0010768
chrX17730469CAGTTTTTTCTGGTTGTTTTTTTTTTTTATCCGTTTTTGACAAATCGAGAANA
chrX17715284TACAATACATTACAATTGTTGGCTTTCCTTGGTTTTCCATTCATCTGTGTGNA