Reference allele is: Major

P-values for top 5 SNPs

PositionJointP68_specificP1012_sepecificP24_specificP
83317217.3358630375216e-060.6447946208642690.8309306433265610.810350544216003
82457787.17987678181263e-050.959871012756470.6795173290717280.586458140124992
82099740.0001331144342305530.3626954292889790.9741602703122410.341989080988242
83464640.0002145862054322380.3220239865619960.7789159028206430.660300570636216
81799800.0003398266253222870.1680179677042830.4836074839981760.0654448076396813

Genotype info for top 5 SNPs

#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATDGRP-021DGRP-026DGRP-028DGRP-031DGRP-032DGRP-038DGRP-040DGRP-041DGRP-042DGRP-045DGRP-048DGRP-049DGRP-057DGRP-059DGRP-069DGRP-073DGRP-075DGRP-083DGRP-085DGRP-088DGRP-091DGRP-093DGRP-100DGRP-101DGRP-105DGRP-109DGRP-129DGRP-136DGRP-138DGRP-142DGRP-149DGRP-153DGRP-158DGRP-161DGRP-176DGRP-177DGRP-181DGRP-189DGRP-195DGRP-208DGRP-217DGRP-223DGRP-227DGRP-228DGRP-229DGRP-233DGRP-235DGRP-237DGRP-239DGRP-256DGRP-280DGRP-287DGRP-301DGRP-303DGRP-304DGRP-306DGRP-307DGRP-309DGRP-310DGRP-313DGRP-315DGRP-317DGRP-318DGRP-319DGRP-320DGRP-321DGRP-324DGRP-325DGRP-332DGRP-335DGRP-336DGRP-338DGRP-340DGRP-348DGRP-350DGRP-352DGRP-354DGRP-355DGRP-356DGRP-357DGRP-358DGRP-359DGRP-360DGRP-361DGRP-362DGRP-365DGRP-367DGRP-370DGRP-371DGRP-373DGRP-374DGRP-375DGRP-377DGRP-379DGRP-380DGRP-381DGRP-382DGRP-383DGRP-385DGRP-386DGRP-390DGRP-391DGRP-392DGRP-395DGRP-397DGRP-399DGRP-405DGRP-406DGRP-409DGRP-426DGRP-427DGRP-437DGRP-439DGRP-440DGRP-441DGRP-443DGRP-461DGRP-486DGRP-491DGRP-492DGRP-502DGRP-505DGRP-508DGRP-509DGRP-513DGRP-517DGRP-528DGRP-530DGRP-531DGRP-535DGRP-551DGRP-555DGRP-559DGRP-563DGRP-566DGRP-584DGRP-589DGRP-595DGRP-596DGRP-627DGRP-630DGRP-634DGRP-639DGRP-642DGRP-646DGRP-703DGRP-705DGRP-707DGRP-712DGRP-714DGRP-716DGRP-721DGRP-727DGRP-730DGRP-732DGRP-737DGRP-738DGRP-748DGRP-757DGRP-761DGRP-765DGRP-774DGRP-776DGRP-783DGRP-786DGRP-787DGRP-790DGRP-796DGRP-799DGRP-801DGRP-802DGRP-804DGRP-805DGRP-808DGRP-810DGRP-812DGRP-818DGRP-819DGRP-820DGRP-821DGRP-822DGRP-832DGRP-837DGRP-843DGRP-849DGRP-850DGRP-852DGRP-853DGRP-855DGRP-857DGRP-859DGRP-861DGRP-879DGRP-882DGRP-884DGRP-887DGRP-890DGRP-892DGRP-894DGRP-897DGRP-900DGRP-907DGRP-908DGRP-911DGRP-913
chr3R8331721.TTCAACTCAA,GAGAGTATTACTCC.PASSAC=16,4GT0/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/02/20/00/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3R8245778.TC.PASSAC=105GT0/00/00/01/01/10/10/01/11/10/00/10/00/00/01/01/10/00/01/10/10/00/01/11/11/11/10/01/10/00/00/01/11/11/10/00/01/10/00/00/00/01/11/11/10/00/01/11/11/11/10/01/10/00/11/11/10/01/10/01/11/10/10/00/01/10/00/00/00/01/10/01/11/10/00/00/01/11/10/01/10/01/11/10/00/00/01/10/00/01/11/10/00/01/11/11/10/01/10/01/10/00/00/00/00/10/01/11/10/01/10/00/01/10/10/00/01/11/11/11/11/10/00/01/10/00/00/01/10/01/11/10/01/11/11/00/00/01/10/00/01/01/11/11/11/10/01/11/10/00/01/10/01/11/11/10/01/00/00/00/00/00/01/11/10/00/01/11/10/00/01/00/01/11/10/01/11/10/01/11/10/01/11/11/10/00/01/10/10/00/00/00/01/11/10/01/11/10/00/01/10/00/01/10/00/1
chr3R8209974.TA.PASSAC=23GT0/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/00/00/00/00/00/00/00/01/01/01/10/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/0
chr3R8346464.CA.PASSAC=60GT0/00/00/01/00/00/10/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/10/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/11/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/00/00/00/01/00/01/10/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/00/00/01/10/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/01/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/00/00/01/10/00/00/01/11/01/01/10/00/00/01/10/00/01/10/00/01/11/11/01/10/01/10/00/00/01/10/00/00/01/10/00/01/11/10/10/01/11/00/01/10/00/00/01/10/01/11/11/10/01/11/11/10/00/00/00/01/11/10/01/10/00/00/01/10/00/00/00/01/0
chr3R8346464.CTTGTCACAGCGCAAAACCACGCCAAACGTAATGGCC,CTTATCACAGCGCAAAACTACGCCAAACGTAATGGC,CTTGTCACAGCGCAAAACTACGCCAAACGTAATGGC,CTTGTCACAGCTCAAAACCACGCCAAACGTAATGGC.PASSAC=17,2,44,1GT0/00/00/00/01/10/20/00/01/10/00/00/00/00/00/13/30/00/00/00/00/00/03/30/02/20/00/00/30/00/03/31/10/03/30/00/01/10/00/00/00/03/31/01/10/00/00/03/33/33/30/00/00/00/00/00/00/00/10/00/00/03/00/00/00/00/00/00/00/03/30/03/30/00/00/00/01/11/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/03/33/11/10/03/00/00/00/00/03/30/03/30/00/00/00/00/10/01/10/00/00/00/00/03/30/00/00/00/03/01/00/00/04/40/00/00/00/00/00/00/00/03/30/03/00/00/00/00/01/00/03/33/03/03/00/00/00/03/30/00/03/30/00/03/33/33/00/00/00/00/00/00/03/30/00/00/00/00/01/10/00/00/00/03/30/00/03/30/00/00/03/30/03/33/33/30/03/33/33/30/00/00/00/03/33/30/03/30/00/00/03/30/00/00/00/00/0
chr3R8179980.CT.PASSAC=22GT0/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/10/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/01/00/00/00/00/00/00/00/11/01/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/11/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/00/01/10/00/01/10/00/00/00/00/00/00/01/10/00/00/00/00/00/00/00/01/11/10/01/10/00/00/00/00/00/00/00/00/0

Sequences and list of disrupted MOTIFs around top 5 SNPs

ChrPositionSequenceMotifs
chr3R8331721TACAAGAAGAGAACTCTGAATACTTTCAACAAGTTACCGAGAAAGAAGAACNA
chr3R8245778CTTTGCAGAGATCTCGCAGCTCGATCTCGTACCCGGCGCAGAGCAGTCCCA
chr3R8209974ATTAACTATAAATATATAGTCGAATAAAATCGATGCATTGATTATTTGCCGDmelanogaster-FlyFactorSurvey-hb_SANGER_2.5_FBgn0001180 , Dmelanogaster-JASPAR_2014-BEAF-32-MA0529.1
chr3R8346464CCAGCTTCTCCCCACATCTAACCACTTGTCACAGCGCAAAACCACGCCAAADmelanogaster-FlyFactorSurvey-disco_SANGER_5_FBgn0000459
chr3R8346464CCAGCTTCTCCCCACATCTAACCACTTGTCACAGCGCAAAACCACGCCAAANA
chr3R8179980GCTGAGAGGTACCTCCCTCACTGGCTTCCAGTATTTCTGCTTCTATCTTGGDmelanogaster-FlyFactorSurvey-ey_FlyReg_FBgn0005558